冬蟲夏草屬于珍稀的天然資源，而且滋肺補腎方面有著較好的療效，要是儲存不當，不僅僅縮短了冬蟲夏草的保質期，還容易發霉、長蟲最后變質不能服用，造成令人心疼的浪費。尤其新挖的蟲草，更要注重儲存的方法。

一般正常的冬蟲夏草含水率應在10%-12%以下，由于含水率高和保存不當容易發生霉變。如果只是蟲草外部輕微的發霉、變白，可以用牙刷輕輕刷去霉點，再放于晴日下晾曬即可。若蟲草外部已發霉變黑，蟲體內部也發黃、蟲體變軟，這樣的蟲草就不能進食了。由此可見，冬蟲夏草的貯存至關重要。

對于購買量較多者，可以將近期食用的放在密封盒里，置于冰箱的冷藏室。將近期不食用的置于冰箱的冷凍室里。此種方法最大限度保存了冬蟲夏草的有效物質，并能有效的防腐、防霉、防蟲等。